Sáng 27/8, tại Hà Nội, Thượng tướng Hoàng Xuân Chiến, Uỷ viên Trung ương Đảng, Uỷ viên Quân uỷ Trung ương, Thứ trưởng Bộ Quốc phòng tiếp bà Bonnie Jenkins, Thứ trưởng Bộ Ngoại giao Hoa Kỳ.
Sáng 27/8, tại Hà Nội, Thượng tướng Hoàng Xuân Chiến, Uỷ viên Trung ương Đảng, Uỷ viên Quân uỷ Trung ương, Thứ trưởng Bộ Quốc phòng tiếp bà Bonnie Jenkins, Thứ trưởng Bộ Ngoại giao Hoa Kỳ.
Vị vua kế tục Gia Long là Minh Mạng không có cảm tình với người Pháp như thái độ chung của người Á Đông lúc đó, coi người châu Âu là bọn man di, là quân xâm lược.[3] Ngoài ra ông cũng không thích cả Công giáo của Châu Âu. Trong thời kỳ Minh Mạng nắm quyền, tín đồ Công giáo bị đàn áp quyết liệt. Với những người Pháp đã từng giúp vua Gia Long, Minh Mạng tỏ thái độ lạnh nhạt nên khi Chaigneau trở lại Đại Nam không được trọng dụng nữa. Minh Mạng tuyên bố không cần phải ký thương ước giữa hai chính phủ, người Đại Nam vẫn đối xử tốt đẹp với người Pháp là đủ, ông chỉ thỏa thuận mua bán với người Pháp nhưng không chấp nhận xây dựng đặt quan hệ ngoại giao chính thức với nước Pháp, quốc thư của Pháp xin Chaigneau làm Lãnh sự Pháp ở Đại Nam không được nhà vua chú ý tới.
Vào giữa thế kỷ 19, ở Đại Nam đã có khoảng 300.000 người theo đạo Công giáo. Hầu hết các giám mục và linh mục đều nói tiếng Pháp hoặc tiếng Tây Ban Nha. Hầu hết người Đại Nam thời bấy giờ không thích và nghi ngờ này cộng đồng Kitô giáo. Người Pháp lại bắt đầu cảm thấy có trách nhiệm đảm bảo tính mạng cho họ. Việc triều đình Đại Nam sách nhiễu các Kitô hữu cuối cùng giúp Pháp có một lý do để tấn công Đại Nam.[4] Sự căng thẳng càng ngày càng gia tăng. Do những việc cấm đạo và tàn sát giáo dân của vua Minh Mạng mà ngay trong năm 1838 đã có sĩ quan Hải quân Fourichon đề nghị nước Pháp gửi Hải quân tới can thiệp nhưng bị Ngoại trưởng Pháp là Guizot bác bỏ.[5] Dư luận Pháp thì sôi động vì sự ngược đãi giáo dân của Minh Mạng nên ủng hộ đề nghị dùng vũ lực.[6] Khi Thiệu Trị nối ngôi có thái độ mềm mỏng hơn, cho thả một số linh mục bị bắt và tỏ ý sẽ cho tàu sang Châu Âu mua bán nhưng sự kiện đụng độ tại Đà Nẵng năm 1847 giữa tàu Pháp và Việt khiến nhà vua tức giận và ông ra lệnh xử tử ngay tại chỗ tất cả người Âu bắt được tại Đại Nam.
Khi Tự Đức lên cầm quyền, triều đình vẫn cai trị tuân theo phong cách Nho giáo.[7] Triều đình không có một biện pháp nào đối phó với phương Tây, ngược lại chỉ cấm đạo và cấm mua bán quyết liệt hơn trước.[7][8] Nhân vụ An Phong Công Hồng Bảo mưu phản, tìm cách liên hệ với các giáo sĩ để soán ngôi mà nhà vua cho công bố 2 đạo dụ cấm đoán Công giáo các năm 1848 và 1851, từ 1848-1860, đã có hàng vạn giáo dân bị tàn sát hay lưu đày.
Được Việt Nam hậu thuẫn, ngày 8 tháng 1 năm 1979 Hội đồng Nhân dân Cách mạng nước Cộng hòa Nhân dân Campuchia do Heng Samrin làm Chủ tịch đã được thành lập. Đảng Nhân dân Cách mạng Campuchia về danh nghĩa là đảng cầm quyền tại Campuchia. Nhưng tổ chức này mới được thành lập nên chưa đủ sức bảo vệ chính phủ mới khỏi trước sức mạnh quân sự của Khmer Đỏ.
Chính hành động này đã làm cho Việt Nam bị cấm vận thông qua trong cuộc bỏ phiếu tại Liên Hợp Quốc vào năm 1985: Lào, Syria, Ba Lan, Mông Cổ, Cộng hòa Xã hội chủ nghĩa Xô viết Ukraina, Liên Xô, Samoa, Nicaragua, Cuba, Tiệp Khắc, Yemen, Iraq, Bulgaria, Ethiopia, Byelorussia và một số nước khác bỏ phiếu phản đối cấm vận Việt Nam. Tổng cộng 124 phiếu thuận, 17 phiếu chống. Việt Nam lâm vào tình cảnh bị cấm vận, thiếu thốn.[68]
Hàng ngàn công chức và kỹ thuật viên Việt Nam đã được đưa sang Campuchia để khôi phục hệ thống điện, nước ở Phnôm Pênh, đưa hệ thống đường sắt vào hoạt động trở lại. Các bệnh viện và trạm xá được mở lại với các bác sĩ dân y và quân y Việt Nam cùng một số bác sĩ Campuchia còn sống sót qua thời Khmer Đỏ. Hàng trăm người Campuchia được gửi sang Việt Nam học các khóa cấp tốc về chăm sóc sức khỏe, giáo dục, ngân hàng, ngoại thương và an ninh.
Từ tháng 4/1979, lực lượng Việt Nam chỉ còn quân khu 5, quân khu 7, quân đoàn 4, quân khu 9 ở lại Campuchia, đóng thành bốn mặt trận 579, 779, 479 và 979. Từ năm 1979 đến giữa năm 1985, quân đội Việt Nam thực hiện các chiến dịch quân sự truy quét các căn cứ của Khmer Đỏ. Tháng 1 năm 1980, chiến dịch quân sự nhằm vào Khmer Đỏ tại Phnom Chhat bắt đầu. Các cuộc đụng độ giữa các lực lượng NCR và quân Việt Nam cũng diễn ra và lan sang cả lãnh thổ Thái Lan. Thời gian này, Khmer Đỏ bắt đầu tái xâm nhập Campuchia từ Thái Lan với khoảng 3-4 ngàn quân. Khi mùa mưa tới, Khmer Đỏ đã tái tổ chức lực lượng, chỉ huy và huấn luyện, bắt đầu các cuộc giao tranh quy mô nhỏ như đánh du kích, phục kích, pháo kích quấy rối.
Lực lượng Việt Nam và chính phủ Phnom Phênh tiếp tục truy đuổi và giáng những đòn nặng nề vào các nhóm chống đối. Năm 1982, trong một chiến dịch dữ dội nhất kể từ khi quân Việt Nam tiến vào lật đổ Khmer Đỏ, sư đoàn 7 Việt Nam đánh vào trại Sokh San của KPNLF, buộc họ phải bỏ chạy vào Thái Lan. Tới tháng 7 năm 1982, Việt Nam tuyên bố sẽ rút quân từng phần khỏi Campuchia đơn phương và vô điều kiện. Ngay lập tức, các lực lượng đối lập tăng cường các hoạt động quân sự. Quân Khmer Đỏ tăng cường hoạt động vũ trang tại các tỉnh Kampot, Takeo, Kampong Cham và Kampong Thom[69] Sự yếu ớt của quân đội chính phủ Phom Penh khiến họ không thể chống đỡ được sự trỗi dậy của Khmer Đỏ. Tình hình quân sự tại Campuchia trong năm 1983 trở nên xấu đi, buộc Việt Nam phải ngừng việc rút quân khỏi Campuchia.
Tương quan lực lượng năm 1984 là Việt Nam có khoảng 180 ngàn quân tại Campuchia, so với khoảng 17 ngàn quân của KPNLF, và khoảng 30-50 ngàn quân Khmer Đỏ và khoảng 5 ngàn quân thuộc lực lượng Sihanouk.
Tới mùa khô năm 1984 - 1985, Việt Nam huy động khoảng 60 ngàn quân cho chiến dịch tấn công quyết định nhằm triệt hạ các căn cứ của Khmer Đỏ nằm gần Thái Lan, cùng với hàng chục ngàn dân công Campuchia xây đường và mở rộng các sân bay dã chiến tại khu vực biên giới. Cuối tháng 12 năm 1984, khoảng 1.000 quân Việt Nam đánh hạ căn cứ Nong Samet. Tháng 1 năm 1985, khoảng 4.000 quân Việt Nam, với hơn 30 xe tăng và xe bọc thép hỗ trợ, đánh vào căn cứ Ampil của lực lượng Mặt trận Nhân dân Giải phóng Quốc gia Campuchia (KPNLF) với 5.000 quân phòng ngự và triệt hạ hoàn toàn căn cứ này sau 36 giờ. Quân Việt Nam và quân chính phủ Cộng hòa Nhân dân Campuchia cũng mở chiến dịch tấn công căn cứ lớn có gần 10.000 quân Khmer Đỏ đóng giữ tại Phnom Malai, nơi mà họ từng định đánh chiếm năm 1982 nhưng bất thành, và đã triệt hạ căn cứ này sau 2 ngày giao tranh. Chiến dịch mùa khô năm 1984-85 là chiến dịch lớn chưa từng có của Việt Nam kể cả về quy mô, thời gian và mức độ thành công.[70]
Sau các chiến dịch 1984-85 của Việt Nam, lực lượng đối lập bị nhiều tổn thất. Liên quân KPNLF và Khmer Đỏ ước tính đã bị mất khoảng 1/3 lực lượng do thương vong và đào ngũ.[71] Liên minh này mất toàn bộ các căn cứ trên đất Campuchia, trong đó có thủ đô lâm thời đặt tại một ngôi làng có tên Phum Thmei trong rừng sát biên giới Thái Lan. Khmer Đỏ rút một phần về Thái Lan, một phần chia nhỏ và ẩn trong nội địa. Hai phe Sihanouk và Son Sann rút hẳn vào trong lãnh thổ Thái Lan. Chiến dịch truy quét quy mô lớn kéo dài 5 tháng của Việt Nam đã chấm dứt hy vọng lật ngược tình thế của Khmer Đỏ và KPNLF. Kể từ cuối năm 1985, các lực lượng này về cơ bản không thể là mối đe dọa lớn đối với chính phủ Cộng hòa Nhân dân Campuchia được nữa.
Ngày 16 tháng 8 năm 1985, thông cáo của cuộc họp các bộ trưởng ngoại giao ba nước Đông Dương tại Phnôm Pênh tuyên bố Việt Nam sẽ rút quân hoàn toàn khỏi Campuchia, quá trình rút quân hoàn thành năm 1990.[72]
Tháng 6 năm 1988, trên cơ sở trưởng thành của quân đội Campuchia và với sự thỏa thuận của giữa Việt Nam và Campuchia, Việt Nam đã rút toàn bộ chuyên gia dân sự và đến ngày 26 tháng 9 năm 1989, Việt Nam rút toàn bộ quân tình nguyện và chuyên gia quân sự Việt Nam về nước. Sau khi quân tình nguyện Việt Nam rút hết, lúc đầu phía Campuchia có lúng túng trước các hoạt động giành dân, chiếm đất của Khmer Đỏ và đồng minh nhưng dần dần Campuchia vươn lên làm chủ tình hình, kiểm soát trên 90% lãnh thổ.[73]
Năm 1992-1993, lực lượng gìn giữ hòa bình Liên Hợp Quốc Campuchia (UNTAC - United Nations Transitional Authority in Cambodia) tạm thời quản lý Campuchia.